1994 жылдан 1995 жылға дейін Қазақстан Республикасының Ішкі істер министрі; запастағы генерал-лейтенант, профессор, Қазақ гуманитарлық заң университетінің Алматы заң академиясының директоры, Қазақстан Республикасы Ұлттық қауіпсіздік комитетінің бірінші Төрағасы.
Баекенов Болат Әбдірахманұлы Қазақстан Республикасының Президенті Н. Назарбаевтың Ұлттық қауіпсіздікті қамтамасыз ету саласындағы «Егемен Қазақстанның қалыптасуы мен дамуы» стратегиясын іске асыруға елеулі жеке үлесін қосты. Оның басшылығымен Ұлттық қауіпсіздік органдары қызметінің заңнамалық және нормативтік құқықтық базасын құру бойынша үлкен жұмыс жүргізілді.
Барлық лауазымдарда Болат Баекенов өзін кәсіби дайындалған, бастамашыл, табанды және талапшыл басшы, шебер ұйымдастырушы ретінде көрсетті. Бұл іскерлік қасиеттері адалдық, объективтілік, өз қарамағындағылардың қажеттіліктері мен сұраныстарына мұқият қарау сияқты қасиеттерімен үлесін тауып, жалпы алғанда, өзі жұмыс істеп, қызмет кеткен ұжым арасында үлкен құрмет пен жоғары беделге ие болды.
Құрмет ордені, КСРО мен Қазақстан Республикасының 22 медалі бар, Қазақстан Республикасы Ұлттық қауіпсіздік комитетінің Құрметті қызметкері және Саран қаласының Құрметті азаматы болып табылады.